O certificado fornecido pelo CFM pode ser utilizado para fins pessoais?

Sim. O certificado é de propriedade do médico e pode ser utilizado, por exemplo, em sites do Governo Federal, como a Receita Federal, ou em sistemas que o reconhecem, como o de Prescrição Médica, ou mesmo assinar documentos digitalmente, que passam a ser reconhecidos legalmente. Contudo, não pode ser utilizado para representar uma pessoa jurídica por se tratar de tipo E-CPF.